Jeho starý otec Štefan Čerňan bol Slovák. V roku 1903 sa spolu s manželkou Annou odsťahovali z Vysokého nad Kysucou do USA aj s ďalšou väčšou skupinou vysťahovalcov. Usadili sa v Chicagu a o rok neskôr sa im narodil Eugenov otec Ondrej Čerňan (Andrew). Ten si neskôr za manželku vzal Češku Rozáliu Cihlářovú a spolu mali syna Eugena. Eugen sa narodil tiež v Chicagu (Illinois, USA). So svojou manželkou Jan Nanna Cernan mali spolu tri dcéry. V roku 1956 absolvoval Purdue University s titulom inžinier elektrotechniky. V roku 1964 absolvoval s titulom leteckého inžinier U.S. Naval Postgraduate School v Monterey (California, USA). V októbri 1963 sa stal jedným zo 14 kozmonautov, ktorých si NASA vybrala. Členom oddielu kozmonautov NASA bol do roku 1976. Do vesmíru letel spolu trikrát. Ako pilot na kozmickej lodi Gemini 9 v roku 1966 sa stal druhým Američanom, ktorý vystúpil do voľného kozmického priestoru a viac ako dve hodiny pracoval mimo vesmírnej lode. Pri svojom druhom vesmírnom lete v roku 1969 bol pilotom lunárneho modulu Apollo 10. Tretí vesmírny let absolvoval Cernan v roku 1972 ako veliteľ lode Apollo 17 v rámci misie na Mesiac. Dňa 14. decembra 1972 ako posledný z 12 pútnikov prechádzajúcich sa po Mesiaci prstom naveky napísal do prachu meno svojej malej dcéry ako darček k jej narodeninám a zanechal tam poslednú stopu so slovami: „Opúšťame Mesiac v mieri tak, ako sme sem prišli. Nech tí, ktorí sa sem raz vrátia, rovnako prídu v mieri a pokoji pre celé ľudstvo.“ Kapitán Cernan prežil vo vesmíre spolu vyše 566 hodín, z toho v celkovom trvaní 22 hodín a štyri minúty uskutočnil s posádkou v roku 1972 tri výstupy na povrch Mesiaca.
Po odchode z NASA v roku 1976 si založil vlastnú firmu Cernan Corporation. Neskôr pôsobil ako riaditeľ marketingu v Digital Equipment Corporation Houston (Texas, USA). Miesto pôvodu svojich predkov Vysokú nad Kysucou navštívil dva krát. Prvý raz v roku 1974 a tiež v roku 1994. V roku 1974 mu oficiálnu návštevu ČSSR zamietli, takže aby mohol pricestovať, akreditoval sa ako novinár na veľtrh v Inchebe (Bratislava, SR). V roku 2001 navštívil aj ČR, kde spolu s prvým česko-slovenským kozmonautom Vladimírom Remekom a astronomickým popularizátorom Marcelom Grünom absolvovali let vrtuľníkom Mi-8S, nakoľko chcel navštíviť obec Borovany, odkiaľ pochádzal jeho starý otec. Minútu a pol pred pristátím však vrtulníku došlo palivo a zrútil sa neďaleko obce Okrouhlá. Nikomu sa však na šťastie nič nestalo. Bola to už druhá Cernanova havária vrtulníka (prvý krát v roku 1971 na Floride). Je čestným občanom mesta Čadca a od roku 2011 je otvorená stála expozícia Človek na mesiaci v Kysuckom múzeu v Čadci. Bratislavu navštívil ešte aj v roku 2004 a v roku 2008 tiež Prahu.
Eugen Čerňan sa narodil 14. marca 1934 v Chicagu a zomrel 16. januára 2017 v Houston v Texase.
