Kláštor, predstavoval dar duchovného, vzdelanostného a všeobecného kultúrneho vzrastu, nielen pre jeho obyvateľov, ale celého Považia, ba značnej časti Slovenska. Kláštor bol ohniskom evanjelizácie, ale aj duchovnej a materiálnej kultúry. Na Skalke, ako zaznamenávajú dobové záznamy, v týchto časoch: „mohutnel nábožný spev veriacich (idiomate slavonico) – po slovensky.“ Jezuiti tu pôsobili do svojho zrušenia r. 1773.
Toto posvätné miesto však bolo žiaľ, poznačené vojnami a postupne pustlo. V 18. storočí boli kláštor a kostol zničené. Dlhý čas toto pamätné miesto označovali len zrúcaniny, avšak zbožný ľud ani vtedy sem neprestával putovať a konať pobožnosti. Konečne r. 1853 z milodarov veriacich bol na Malej Skalke opäť postavený kostol. Po ďalšom spustošení, ale aj celkovom zrekonštruovaní bol 13. júla 1924 k úcte týchto našich svätých opäť posvätený nitrianskym biskupom Karolom Kmeťkom za prítomnosti spišského biskupa Jána Vojtaššáka a za účasti tridsaťtisíc pútnikov. Pri tejto príležitosti bolo opäť zverejnené prehlásenie, ktoré vzniklo pri konsekrácii troch biskupov v Nitre – 13. február 1921. Tu vznikla myšlienka, aby toto bývalé benediktínske opátstvo „našou národnou katolíckou svätyňou a ohniskom nášho cirkevno-národného života.“
Obnova Skalky
Podpísané boli významné osobnosti ako Dr. Karol Kmeťko, nitriansky biskup, Dr. Augustín Fischer -Colbrie, košický biskup, Ján Vojtaššák, Andrej Hlinka, Dr. Ján Kohút, biskupský vikár, Fr. Richard Oslvald, arcibiskupský vikár, Dr. Alois Kolísek, P. Vendelín Javorka, S.J, rektor jezuitov, Dr. Jozef Bellai, trenčiansky župan, Ján Pöstényi, správca SSV a mnohí ďalší. Celkový zámer však so Skalkou pre mnohé príčiny sa nerealizoval. Vojnové udalosti 1939-1945 neobišli ani Skalku. Oprava chrámu bola ukončená slávnosťou v nedeľu 22. júla 1951. Slávnostnú svätú omšu celebroval nitriansky administrátor biskup Eduard Nécsey. Hlavná púť sa koná každý rok v sobotu a nedeľu po 17. júli, kedy je sviatok sv. Svorada a Beňadika. Na obnove Skalky sa od r. 2011 podieľa n. f. Beňadik, ktorý nadviazal na výzvu z r. 1921. Čiastočné úpravy na Veľkej Skalke boli prevedené za trenčianskeho farára – opáta Ľudovíta Stáreka v r. 1852-1853 a za skalských farárov Pavla Uhrína v r. 1892, Jána Havera r. 1911 a Jozefa Púchovského r. 1914. Väčšie úpravy a stabilizácia objektu sa uskutočnili po r. 2000. V r. 2011 v objekte Veľkej Skalky pribudol prístrešok pre turistov.
Malá Skalka – Nová Skalka
Dvojvežový kostolík postavený v románskom slohu sa tu spomína po prvý raz v roku 1208. Bol zasvätený sv. Beňadikovi. Roku 1520 dal na jeho mieste vybudovať kaplnku ku cti sv. Doroty Juraj Thurzo horlivý katolík, starý otec Juraja Thurzu, neskoršieho palatína. Počas pôsobenia jezuitov na Skalke kaplnku renovovali v r. 1713 a pristavili k nej vežu. V r. 1679 bol postavený nový oltár na počesť Panny Márie Čenstochovskej. Počas kuruckých vojen bol kostolík poškodený. V r. 1745 kaplnku rozšírili do súčasnej podoby a pristavili k nej dve veže. V r. 1949 v ňom postavili Boží hrob a na Veľký piatok sa tu konali procesie. Neskôr postavili na Malej Skalke aj kalváriu (1676) so štrnástimi stanicami krížovej cesty. Kostol bol opäť zreštaurovaný za trenčianskeho farára opáta Ľudovíta Stáreka v r. 1852-1853; opravený a posvätený v r. 1924 nitrianskym biskupom Karolom Kmeťkom. Hlavný oltár odvtedy zdobia sochy pustovníkov sv. Andreja-Svorada a Beňadika. Vojnové udalosti druhej svetovej vojny neobišli ani Skalku a preto bolo potrebné opäť pristúpiť k rozsiahlej oprave, ktorá bola ukončená r. 1951. Slávnostnú svätú omšu celebroval nitriansky administrátor biskup Eduard Nécsey. Ostatné úpravy kostola na Malej Skalke sa uskutočnili v rokoch 2003-2006. V roku 2011 boli vybudované sociálne zariadenia, oprava pútnického domu a okolia. V roku 2012 pribudla v pútnickom areáli nová krížová cesta.
